主要承擔傳染病、寄生蟲病和地方病、慢性非傳染性疾病等的預防與控制；突發公共衛生事件應急處置；疫情及健康相關因素信息管理；職業危害因素控制、食源性疾病預防與控制及公共營養；實驗室檢測與評價；健康教育與健康促進；技術指導與應用研究等。

中心人員編制261人（含衛生監督所），目前員工117人（不含衛生監督所，下同），在編員工104人，臨時聘用人員13人。在編員工中各類專業技術人員103人（其中衛生技術人員98人）。

中心占地面積11483平方米，建有衛生檢測大樓和實驗綜合大樓各一幢，總建筑面積21041.6平方米，其中實驗室面積7390平方米。現有各類儀器設備944臺（件），其中50萬元以上儀器設備18臺，包括液相色譜-質譜-質譜聯用儀、氣質聯用儀、高效液相色譜儀、氣相色譜儀、電感耦合等離子體質譜議、離子色譜儀、實時熒光PCR儀、熒光定量PCR儀、全自動醫用PCR分析系統、全自動病毒載量檢測系統、全自動核酸提純及熒光PCR分析系統、流式細胞儀。擁有百級凈化實驗室2套，各型生物安全實驗室15個，其中4個BSL-1實驗室，11個 BSL-2實驗室（2套負壓P2實驗室）。

檢測能力：中心檢測能力涉及11個檢測領域594個檢測參數、752個方法標準；涉及食品、食品接觸及包裝材料、生活飲用水及其水源、生物材料、職業衛生等檢測領域。生活飲用水檢測項目覆蓋水質常規指標及擴展指標（97項），中心目前能檢測法定傳染病28種，傳染病病原89種，包括甲類傳染病2種（傳染病病原2種），乙類傳染病21種（傳染病病原25種），丙類傳染病5種（傳染病病原19種），其他傳染病病原43種，覆蓋衛健委、國家發改委規定的縣級疾控機構檢測能力要求。于1998年通過實驗室資質認證（計量認證），2012年通過食品檢驗機構資質認定；被省衛健委確認為艾滋病確證實驗室，具備消毒效果評價能力。 

多年來，晉江市疾病預防控制中心在市委、市政府及主管部門關心支持下，中心領導班子團結協作，凝聚全體職工，深入貫徹落實國家法律法規政策和各項工作任務，加強內部制度建設、加強隊伍素質建設、加強設施設備投入、加強實驗室質量管理，不斷完善各項突發公共衛生事件應急處置預案、不斷探索科學管理與改革創新。此次新冠肺炎疫情防控，中心第一時間啟動應急響應，成立工作領導小組，全員戰疫、專人值守、梯隊輪換，2020年1月23日對首例疑似病例進行采樣和檢測，成為全省首家開展新冠病毒核酸檢測縣級疾控中心，投入400多萬元采購新冠病毒核酸檢測，日最大檢測能力達 4800個測試，為打贏疫情防控攻堅戰提供軟硬件保障，在我市疫情防控中發揮了十分重要的作用。

晉江市疾病預防控制中心長期致力于保障轄區公共衛生安全，在新冠肺炎、霍亂、手足口病、甲型H1N1流感、人感染H7N9禽流感、登革熱等疫情處置；在鼠疫、艾滋病、結核病、麻疹、乙肝等重點傳染病防控；在公共衛生健康危害因素控制、健康教育促進等工作中取得了顯著的成效，得到各級黨委、政府的充分肯定和群眾的廣泛認同。榮獲2010年度福建省世行貸款英國贈款結核病控制項目先進單位、2011度福建省艾滋病疫情工作質量獎、2012年福建省結核病控制工作先進集體、2012年度福建省艾滋病防治項目干預工作質量獎、2013年度福建省寄生蟲病防治工作先進單位、2013年度福建省艾滋病防治項目干預工作質量獎、2014年度福建省傳染病疫情及突發公共衛生事件報告管理先進集體、2014年度福建省艾滋病防治項目干預宣傳及疫情管理工作先進集體、2014年度福建省艾滋病防治擴大檢測先進集體、福建省2014-2015年食品安全風險監測先進集體、2014年度福建省結核病流行病學抽樣調查先進集體、2015年度福建省艾滋病干預宣教及疫情管理工作先進集體、2015年全國疾病預防控制工作先進集體、福建省“十二五”地方病防治先進集體、福建省2014-2016年度免疫規劃工作先進單位、福建省2016年職業病防治項目（重點職業病監測與職業病健康風險評估）工作先進單位、2017年泉州市衛生應急技能競賽“突發急性傳染病防控”一等獎、“2020年泉州市疫情防控阻擊戰表現突出的先進基層黨組織”、“2020年度泉州市學雷鋒活動示范點”、“十三屆泉州青年五四獎章集體”、2021年泉州市衛健系統新冠肺炎防控崗位職工技能競賽團體二等獎、2020-2022年泉州市文明單位、2023年福建省首屆健康科普講解大賽二等獎、2023年泉州市衛健系統現場流行病學調查職業技能競賽團體二等獎、2023年第五屆“晉江青年五四獎章”集體。泉州市2024年職業健康技能與知識競賽團體一等獎、2024年泉州市衛健系統突發公共衛生事件應急檢測職業技能競賽團體三等獎、第三屆泉州市健康素養宣傳活動暨泉州市健康素養科普比賽三等獎、2024年度泉州市“安康杯”競賽組織工作優秀單位、第二屆泉州市學生近視防控主題競賽活動優秀組織獎。