晉江市疾病預防控制中心是2005年4月經晉江市人民政府批準設立的公益性事業單位，前身為晉江市衛生防疫站，位于晉江市青陽街道洪宅垵社區120號。

中心人員編制220人，占地面積11483平方米，總建筑面積21041.6平方米，其中實驗室面積7390平方米。現有各類儀器設備952臺（件），其中50萬元以上儀器設備18臺。于1998年通過實驗室資質認證（計量認證），2012年通過食品檢驗機構資質認定；被省衛健委確認為艾滋病確證實驗室，具備消毒效果評價能力。2020年1月23日對首例疑似病例進行采樣和檢測，成為全省首家開展新冠病毒核酸檢測縣級疾控中心。 

晉江市疾病預防控制中心長期致力于保障轄區公共衛生安全，各項工作取得了顯著的成效，得到各級黨委、政府的充分肯定和群眾的廣泛認同 。